העיר מעלות ממוקמת בגליל המערבי, כ-20 ק"מ מזרחית לנהריה, ופחות משעה נסיעה מחיפה. מעלות נוסדה בשנת ה'תשי"ז, ע"י עולים חדשים מצפון אפריקה, כאחת מעיירות הפיתוח בהן שיכנה הממשלה את העולים. שמה של העיר נקבע בגלל מיקומה במעלה הר הרקפות ובגלל שם היישוב הסמוך מעיליא. בשנת ה'תשכ"ג אוחדו תרשיחא ומעלות, והיישוב החדש נקרא מעלות-תרשיחא.
בשנת ה'תשל"ד חדרו מחבלים מלבנון לישראל והגיעו למעלות. הם ירו בשלושת בני משפחת כהן בבית ברחוב פקיעין (בנין הפנימיות של הישיבה הוא הבניין בו התגוררה המשפחה), והמשיכו לעבר בית הספר הממ"ד 'נתיב מאיר' שבו שהתה באותה עת קבוצת תלמידים מבית ספר בצפת. המחבלים השתלטו על מבנה בית הספר ולקחו את התלמידים וצוות המורים כבני ערובה לשחרור מחבלים. בסיומו של הפיגוע, לאחר פריצת צה"ל, נהרגו 22 תלמידים ו-5 מבוגרים, ורבים אחרים נפצעו.
ישיבת מעלות הוקמה שנה לאחר מכן, בשנת ה'תשל"ה, כתגובה ציונית לפיגוע החבלני, ונקראה 'ישיבת מעלות יעקב' על שם הרב ד"ר יעקב הרצוג, בנו של הרב הראשי לישראל ודיפלומט ישראלי.
הרעיון להקמת ישיבת ההסדר נהגה על ידי שמעון ראם וברוך הופמן, שהחלו בפעילות לשם הקמתה. לאחר מכן הצטרפו ליוזמה מרכז ישיבות בני עקיבא, בראשות הרב משה צבי נריה, וראש ישיבת 'נתיב מאיר', הרב אריה בינה. המחזור הראשון של הישיבה הורכב בעיקר מבוגרי ישיבת 'נתיב מאיר', אליהם הצטרפו קבוצות של בוגרי ישיבות נחלים ונתניה. בראש הישיבה עמד הרב שמואל דיקמן, ששימש כדיין בחיפה.
בשנת ה'תשל"ט התמנה לראשות הישיבה הרב חיים אליעזר מילר מקריית מוצקין. באותה שנה מונה משה ברח"ד למנהל הישיבה.
בשנת ה'תש"ן התמנה לראשות הישיבה הרב יהושע ויצמן.
בשנת ה'תשנ"א עברה הישיבה לבניינה הנוכחי, ובשנת תשנ"ו נחנך בצמוד לו בית המדרש החדש, המזוהה עם הישיבה.
עם השנים הקימה הישיבה מספר שלוחות, מתוך צורך שהתעורר במקומות שונים. לדף על שלוחות הישיבה.
בשנת ה'תשע"ה מונה חיים דעדוש למנהל הישיבה.